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:: Error on GENERATE command ::

 
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Johneames


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MessagePosté le: Lun 27 Nov - 12:43 (2017)    Sujet du message: Error on GENERATE command Répondre en citant

Hi,


I get an error when trying to GENErate a phosphoglycerate mutase (to get a PSF file). Here are several lines of last error message


***** Message from SEQRDR ***** THE SYSTEM CONTAINS 68 TITRATABLE GROUPS
THE USER MUST PREDETERMINE THE STATE THROUGH PROTONATION THE SEQUENCE AND RTF
HIS - 4 ASP - 16 GLU - 17 LYS - 22 TYR - 9


CHARMM>


CHARMM>


CHARMM> GENERATE PGM


***** ERROR in GENIC ***** Residue 'HIS' was not found.


Is this because of protonation? If so what should I do to correct the problem?


Also could this tell what is this HIS - 4 ASP - 16 ...?
What are these numbers? As they are the number of the above specified residues in the sequence of phosphoglycerate mutase.


What does it imply when says Residue 'HIS' was not found?






Thank you !!!




I did not find the right solution from the Internet.
References
https://www.charmm.org/ubbthreads/ubbthreads.php?ubb=showflat&Number=19…
Video Animation For Business


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MessagePosté le: Lun 27 Nov - 12:43 (2017)    Sujet du message: Publicité

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